三障，即煩惱障、業障、報障。另於《華嚴孔目》中，祖師亦以皮、肉、心比喻執著、分別、妄想為修行三種障礙。
【三障】--《佛學常見辭彙》
煩惱障、業障、報障。煩惱障，如貪欲、瞋恚、愚痴等之惑是；業障，如五逆、十惡等之業是；報障，如地獄、餓鬼、畜生等之苦報是。眾生因有此三障，所以不能開悟佛道。
【三障】--《三藏法數》
﹝出涅槃經﹞
障，蔽也。謂諸眾生被惑業障蔽，不見正道，善心不能生起，故名障也。
一、煩惱障。昏煩之法，惱亂心神，故名煩惱。謂貪欲、瞋恚、愚癡等惑，障蔽正道，是名煩惱障。
二、業障。業即業行，謂由貪瞋癡起身口意，造作五無間重惡之業，障蔽正道，是名業障。（五無間業者，一殺父、二殺母、三殺阿羅漢、四出佛身血、五破和合僧也。）
三、報障。報即果報。謂由煩惱惑業，生在地獄、畜生、餓鬼諸趣，因此障蔽正道，是名報障。
【以下整理自淨空法師《華嚴經》講演資料】
迴向偈云：「願消三障諸煩惱，願得智慧真明了」。三障者，惑障（迷惑），業障（造業），報障（受報）。
《涅槃經》云：「障，蔽也。謂諸眾生被此惑業障蔽，不見正道，善心不能生起，故云障也」。
此先說明『障』，為「蒙蔽」之義。凡夫迷惑，迷惑屬愚痴，愚痴故造業，造業則受報。凡夫因此三類煩惱，不得見性。『正道』即是自性，不見自性。故云惑、業、報為三障。
惑障，即是煩惱障。經云：「煩惱障，昏煩之法，惱亂心神，故名煩惱。謂貪欲、瞋恚、愚痴等惑，障蔽正道，是名煩惱障」。
首先說明煩惱障。此地具體指出，貪、瞋、痴為三大煩惱。眾生內具煩惱，遇順境則生貪欲，遇逆境則起瞋恚，若遇正法則生愚痴；何謂愚痴？雖聽經、讀經而不解其義，錯解其義，故能障道。
由是而知，內具貪瞋痴之「煩惱障」，必定造業。業即業行，行是行為。正造作時，名為「事」；造作完畢，名為「業」。如，上學念書，學習結束後稱「畢業」。故知「業」為行為之結果，行為善，則結善業；行為不善，則結惡業。
以下舉例。「謂由貪瞋痴起身口意，造作五無間重惡之業，障蔽正道，是名業障」。殺父、殺母、殺阿羅漢、出佛身血、破和合僧，名五無間業。五者之中，阿羅漢是老師，今日我們雖不遇阿羅漢，若傷害一位好老師，真實善知識，等同殺害阿羅漢。
造惡業則得惡報，故三障最後為「報障」，『報』即果報。「謂由煩惱惑業，生在地獄、畜生、餓鬼諸趣，因此障蔽正道，是名報障」。因果報應，絲毫不爽。凡有起心動念，則因果報應同時生起。
【三障】--《三藏法數》
﹝出華嚴孔目﹞
一、皮煩惱障。即三界中思惑也。謂貪瞋癡等煩惱，對外六塵而起，如皮在身外，故名皮煩惱障。（三界者，欲界、色界、無色界也。思惑者，於一切法起貪愛心也。六塵者，色塵、聲塵、香塵、味塵、觸塵、法塵也。）
二、肉煩惱障。即三界中見惑也。謂斷常有無等見，皆屬內心分別。如肉在皮內，故名肉煩惱障。
三、心煩惱障。即根本無明惑也。謂此無明之惑，由迷真心，逐妄而起，故名心煩惱障。
【以下整理自淨空法師《華嚴經》講演資料】
《華嚴孔目》中所說「三障」，為「皮，肉，心」三者，值得參考。
「皮煩惱障，即三界中思惑也。謂貪瞋痴等煩惱，對外六塵而起，如皮在身外，故名皮煩惱障」。凡夫六根接觸六塵，因自心有貪瞋痴慢煩惱，故外面境界現前，煩惱立即起用造業。順境生貪，逆境生瞋恚、傲慢，發心修行者應時時警覺。
第二，「肉煩惱障，即三界中見惑也。謂斷常有無等見，皆屬內心分別，如肉在皮內，故名肉煩惱障」。此段說明分別。執著對外，分別對內。「分別」即「對立」。簡而言之，真正修行應從自己內心深處放下一切對立。「斷、常」對立，「有、無」對立，「自、他」對立，「利、害」對立，「得、失」對立，所有對立均應化解，實因萬法本無對立，圓融無礙。若能真正明白宇宙人生，相有性空，事有理空，對立自然化解，煩惱消除大半，心常清淨自在。縱使行善遇諸障難，亦能安然忍受。他人任意毀謗、羞辱、陷害，亦不生惱亂。學佛者，心無對立，外不受境界干擾，內不生種種煩惱，心平氣和則是。
末後「心煩惱障」，屬「根本無明」，起心動念。「謂此無明之惑，由迷真心，逐妄而起，故名心煩惱障」。說明煩惱根源為一念不覺。此事大乘佛法中說得透徹，能幫助我們化解根本問題。
以上是祖師以皮、肉、心比喻煩惱淺深不一樣。末法修行，外魔內障，無人不具。障礙應除，難除能除。障礙去除，則能自度，自度而後則能度他。